Kompetensi Keahlian Akuntansi dan Keuangan Lembaga di SMKN 1 Atambua merupakan salah satu kompetensi keahlian  yang secara umum memberikan keterampilan kepada peserta didik untuk mengelola dan melakukan pencatatan keuangan secara manual maupun komputerisasi, dan membekali peserta dengan keterampilan akuntansi, mengelola transaksi keuangan, pajak dan membentuk siswa yang bersikap mandiri dan berkarakter sehingga lulusannya dapat menjadi staff accounting yang handal.

Peserta didik kualifikasi Kompetensi Keahlian Akuntansi dan Keuangan Lembaga (AKL) memiliki peran kerja yakni memiliki kemampuan menyusun laporan keuangan dan kemampuan mengoperasikan aplikasi komputer akuntansi untuk penyusunan laporan keuangan untuk bekerja di usaha bisnis dan/atau manajemen serta memiliki kemampuan mengelola keuangan dan menganalisis data keuangan, untuk bekerja di usaha dan manajemen baik dengan sistem manual maupun otomatisasi.

Setiap peserta didik dipersiapkan agar kapabel, kompetitif dan siap kerja di seluruh perusahaan kecil, menengah, dan besar. Baik itu koperasi, Bank, perusahaan jasa, perusahaan dagang maupun perusahaan pabrik/manufaktur maupun berbagai instansi baik swasta maupun negeri dengan dibekali kompetensi